Apesar de algumas definições ainda pendentes, a estrutura ministerial do Governo de Jair Bolsonaro (PSL) está desenhada. O objetivo inicial do presidente eleito era enxugar a máquina pública e ter de 15 a 17 ministérios. No entanto, o futuro ministro da Casa Civil afirma que o governo terá 22 ministérios. A pressão em torno do novo governo fez com que a equipe cedesse aos aliados mais próximos, temendo a perda de seus apoios.
A forte presença de militares no novo governo, que enfrentou muita resistência, é outro fator significativo, com destaque especial para os nomes de: General Mourão, vice; General Augusto Heleno, Gabinete de Segurança Institucional; General Oswaldo Ferreira, conselheiro de Bolsonaro; e General Santos Cruz, indicado para atuar na Secretaria de Governo, pasta responsável pela a articulação junto aos parlamentares.
Ao contrário dos governos anteriores, que negociavam diretamente com partidos, o presidente tem articulado, no âmbito do Congresso Nacional, com as bancadas ruralista, evangélica e de segurança pública, cujo os membros foram fortes aliados na campanha presidencial. No entanto, existem efeitos adversos do modo de se relacionar com o congresso porque a relação dos parlamentares é mais relevante do que com as bancadas temáticas, uma vez que o compromisso deles é com a sigla a qual estão filiados
Bolsonaro organizou uma equipe de transição em 10 grupos de trabalho a fim de focar as atividades nas pautas consideradas prioritárias para seu governo. A divisão foi feita entre os seguintes temas: Desenvolvimento regional; Ciência, tecnologia, inovação e comunicação; Modernização do estado, economia e comércio exterior; Cultura e esportes; Justiça, segurança e combate à corrupção; Defesa; Infraestrutura; Produção sustentável, agricultura e meio ambiente; Saúde e assistência social. Após a posse do novo governo, os cargos da equipe de transição serão extintos em até dez dias úteis.
Confira como ficará a nova composição de Ministérios:
| Governo Temer | Governo Bolsonaro |
| Como é | Como será |
| Casa Civil | Casa Civil
Ony Lorenzoni (DEM) |
| Min. da Defesa | Min. da Defesa
Gen. Fernando Azevedo e Silva |
| Min. das Relações Exteriores | Min. das Relações Exteriores
Dr. Ernesto Araújo |
| Min. dos Transportes, Portos e Aviação Civil | Min. da Infraestrutura
Tarcísio Gomes de Freitas |
| Min. da Agricultura, Pecuária e Abastecimento | Min. da Agricultura
Tereza Cristina (DEM-MS) |
| Min. da Saúde | Min. da Saúde
Luiz Henrique Mandetta (DEM-MS) |
| Min. da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações | Min. da Ciência, Tec. Inov. Com.
Marcos Pontes |
| M. do Turismo | Min. do Turismo
Marcelo Álvaro Antonio (PSL-MG) |
| Min. das Cidades
Min da Integração Nacional |
Min. do Desenvolvimento Regional
Gustavo Rigodanzo Canuto |
| Min. da Transparência e da Controladoria Geral da União | Min. da Transparência e CGU
Wagner Rosário |
| Min. do Meio Ambiente | Min. do Meio Ambiente
Ricardo Sales |
| Secretaria Geral da Pres. da Rep. | Secretaria Geral da Pres. Da Rep.
Gustavo Bebiano (PSL) |
| Secretaria de Governo da Presidência da República | Secretaria de Gov. da Pres. da Rep.
Gen. Carlos Aberto Cruz |
| Advocacia-Geral da União | Advocacia- Geral da União
André Luiz de Almeida Mendonça |
| Banco Central do Brasil | Banco Central do Brasil
Roberto Campos Neto |
| Min. da Justiça
Min. da Segurança Pública |
Min. da Justiça e Seg. Pública
Sérgio Moro |
| Gabinete de Segurança Institucional | Gabinete de Segurança Institucional
Gen.Augusto Heleno |
| Min. da Educação
|
Min. da Educação
Ricardo Velez Rodrigues |
| Min. do Desenvolvimento Social
Min. da Cultura Min. do Esporte |
Min. da Cidadania e Ação Social
Osmar Tera (MDB-RS) |
| Min. do Desenvolvimento, Comércio Exterior e Indústria
Min. da Fazenda Min. do Planejamento e Gestão |
Min. da Economia
Paulo Guedes |
| Min. dos Direitos Humanos | Min. dos Direitos Humanos
Damares Costa |